「意味」どうしたの?何を悩んでいるの?何でいらいらしているの?
※このeatは「食べる」ではなく,「困らせる」や「いらいらさせる」という意味です.
ですから,What's eating you?で,「何があなたを困らせているの?」や「何があなたをいらいらさせているの?」といった意味になります.
なかなか面白いフレーズですが,俗語なので,フォーマルな場面で使うのはNGです.
「英会話例文」
Tom: What's wrong?「トム:どうしたの?」
Bill: Nothing.「ビル:なにもないさ.」
Tom: Come on, what's eating you? Tell me.「トム:おーい,何を悩んでいるの?話してよ.」