「意味」残念ながらそうです.不本意ながらそのようです.
※単にYesと答えるだけだとぶっきらぼうな感じですが,I'm afraid so.と言えば,「残念ですが...」という気持ちを込めることができます.
'Fraid so.のアポストロフィ「'」は付けない場合もあります.
「英会話例文」
The Mad Hatter: Have I gone mad?「マッドハッター(いかれ帽子屋):俺,おかしくなってる?」
[Alice checks Hatter's temperature][アリスはハッターの熱をチェックして,]
Alice: I'm afraid so.「アリス:残念ながらそのようね.」
※Alice in Wonderland (2010)からの引用です.