※今日の英語,It's up to you.やIt's your decision.と同様の意味です.
callには様々な意味がありますが,ここでは「決定」や「選択」の意味です.
主語のItは他にかえて使うことができます.
また,yourも他の人称代名詞や人物の所有格にかえて使うことができます.たとえば,
It's his call.「それは彼が決めることです」
「英語例文」
It's your call. Tell me what you want.「それはあなたが決めることです。自分の欲しいものを言ってね。」