「意味」あなたはその半分しか分かっていない.あなたが思っているより(あなたが聞いて知っているより),もっと深刻だ(もっと悪い).
※「あなたはその半分しか分かっていない」が文字通りの意味です.
悪い内容に対して使うことが多いので,「事態はもっと深刻だ」や「もっと悪い状況だ」というような意味になることが多いです.
「英会話例文」
Ben: He seems to be a problem for you.「ベン:彼はあなたにとって問題のようね.」
Tom: You don't know the half of it.「トム:君が思っているより,もっと深刻だ.」