※be in the same boatは「同じボートに乗っている」が文字通りの意味ですが,そこから「同じ状況にある」,「同じ問題を抱えている」や「境遇や運命が同じだ」という意味で使われます.
I was in the same boat.と過去形で使う場合は,以下の例文のように,「私も同じ状況だったので,あなたの気持ちがよく分かる」と言いたいようなケースでよく使います.
良くない状況の場合に使うことが多いと思います.
「英会話例文」
I understand how you feel because I was in the same boat last year.「私も昨年は同じ状況だったので,あなたがどう感じているかは分かります.」