※疑問詞の強調構文です。
Sugar is bad for you.「砂糖はあなたにはよくない」
の強調構文として、
It is sugar that is bad for you.「あなたによくないのは砂糖だ」
という言い方があります。
これを疑問詞whatを使って疑問文にすると、
What is it that is bad for you?「あなたによくないのはいったい何か?」
となります。これはWhat is bad for you?「あなたによくないのは何か?」の強調構文になります。
他の時制でもOKです。