The trouble is (that) ...

「意味」困ったことに．．．だ。問題なのは．．．です。厄介なのは．．．．だ。

※今日の英語，使用頻度のけっこう高い言い方です．

...の部分は節が入ります．

「英語例文」
The trouble is we can't find any evidence. 「問題なのは，私達が証拠を何も見つけることができないことだ。」